Program Studi Pendidikan Ekonomi STKIP Majenang mempersiapkan calon guru ekonomi yang memiliki pemahaman mendalam tentang konsep ekonomi, pedagogi, dan metodologi pembelajaran. Lulusan program ini siap mengajar mata pelajaran Ekonomi di tingkat SMP/SMA dengan pendekatan pembelajaran yang kontekstual dan aplikatif sesuai dengan perkembangan ekonomi global, khususnya di wilayah Majenang dan Cilacap.
Program Studi Pendidikan IPA STKIP Majenang dirancang untuk menghasilkan calon guru IPA yang memiliki kompetensi dalam mengintegrasikan konsep Fisika, Kimia, dan Biologi. Program ini menekankan pada pendekatan pembelajaran yang berbasis inquiry dan eksperimen untuk mengembangkan kemampuan berpikir kritis dan kreatif siswa dalam memahami fenomena alam, dengan fokus pada konteks lokal Majenang dan sekitarnya.